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北京畜牧獸醫研究所豬基因組近交系數評估取得新進展

2020-05-13 09:50:49來源:中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所作者:中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所
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  近日,牧醫所豬遺傳育種創新團隊在豬基因組近交系數評估上取得新進展,為豬的育種保種工作和避免實際育種中的近親交配提供了參考依據。
  據介紹,連續純合片段(runs of homozygosity, ROH)是親代將同源相同的單倍型傳遞給子代而形成的,基于ROH計算的基因組近交系數是個體真實的近交系數,它比傳統系譜計算的期望近交系數更加準確,而且不再依賴于系譜記錄的準確性和完整性,能準確地反映兩個配子間的關系。
  研究針對2569個大白豬共檢查到176182個ROH,其中ROH數目最多的染色體為6號,最少的為12號,而覆蓋率最高為14號,最低的為13號。研究進一步發現,檢測到的ROH并非均勻分布在基因組上,通過ROH計算的平均基因組近交系數為0.14,而系譜為0.011,兩者的相關系數為0.35,并在ROH富集的基因組區段注釋到與大白豬繁殖性狀、肌肉發育和脂肪沉積相關的基因,如: SIRT1 、 MYPN 、 SETDB1 和 PSMD4 ,為鑒定候選基因提供了有效的方法。
  研究成果已發表在農林科學1區和奶制品與動物科學1區的《Journal of Animal Science 和 Biotechnology》上。本文的第一作者為史良玉博士研究生和王立剛副研究員,通訊作者為王立賢研究員和趙福平副研究員。該研究得到國家自然科學基金項目(No.31572357)和生豬現代產業技術體系(CARS-35)支持。
  原文鏈接:https://jasbsci.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40104-020-00447-0 

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